平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)技術(shù)(PRM):
PRM是一種基于高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù),能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段(如發(fā)生翻譯后修飾的肽段)進(jìn)行選 擇性檢測(cè),從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行絕對(duì)定量。PRM技術(shù)基于Q-Orbitrap為代表的高分辨、高精度質(zhì)譜平臺(tái),首先 利用四級(jí)桿質(zhì)量分析器的選擇能力,用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子,隨后在collision cell 中對(duì)母離子進(jìn)行碎裂,最后利用 Orbitrap分析器在二級(jí)質(zhì)譜中檢測(cè)所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣即可對(duì)復(fù)雜樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行準(zhǔn) 確地特異性分析。
實(shí)驗(yàn)意義:
PRM技術(shù)是針對(duì)無(wú)抗體蛋白的驗(yàn)證新技術(shù),用于label free, iTRAQ, TMT, SILAC等相對(duì)定量蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的驗(yàn)證,或?qū)?fù)雜 樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量分析。
實(shí)驗(yàn)步驟:
用PRM進(jìn)行蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)驗(yàn)證的一般步驟為:
用PRM對(duì)特定蛋白質(zhì)進(jìn)行相對(duì)/絕對(duì)定量的一般步驟為:
結(jié)果展示:
實(shí)驗(yàn)完成周期及交付標(biāo)準(zhǔn):
1.實(shí)驗(yàn)周期:一般PRM時(shí)間為:5-10天
2.交付標(biāo)準(zhǔn):
組學(xué)驗(yàn)證:
①主要儀器、試劑和實(shí)驗(yàn)方法。
②PRM目標(biāo)離子信息:肽段序列和定量子離子。
③方法學(xué)重復(fù)性評(píng)價(jià):三次技術(shù)重復(fù)的色譜峰面積相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)偏差(RSD)(預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果)。
④實(shí)驗(yàn)結(jié)果:二級(jí)圖譜,XIC圖譜,原始峰面積強(qiáng)度值,矯正后的相對(duì)表達(dá)量,兩組樣本間的相對(duì)比值,t test p值。
相對(duì)/絕對(duì)定量:
①主要儀器、試劑和實(shí)驗(yàn)方法。
②PRM目標(biāo)離子信息:肽段序列和定量子離子。
③方法學(xué)評(píng)價(jià):相對(duì)定量的重復(fù)性評(píng)價(jià)—測(cè)試樣本的三次技術(shù)重復(fù)的色譜峰面積相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)偏差(RSD)(預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果);
絕對(duì)定量的方法學(xué)評(píng)價(jià)—標(biāo)準(zhǔn)品XIC圖譜,LOD,LOQ,線性 范圍,6個(gè)稀釋梯度得到的標(biāo)準(zhǔn)曲線及線性公式(每個(gè)稀 釋度有3次技術(shù)重復(fù))。
④實(shí)驗(yàn)結(jié)果:
相對(duì)定量:二級(jí)圖譜,XIC圖譜,原始峰面積強(qiáng)度值,矯正后的相對(duì)表達(dá)量,兩組樣本間的相對(duì)比值,t test p值。
絕對(duì)定量:二級(jí)圖譜,XIC圖譜,原始峰面積強(qiáng)度值,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算得到的蛋白質(zhì)濃度值,兩組樣本間的相對(duì)比值,t test p值。
需確認(rèn)的信息:
1.樣品:
① 如果樣品為蛋白質(zhì)溶液,蛋白質(zhì)總量≥300mg;
② 如果是組織樣品,樣品總量≥0.1g; 如果是細(xì)胞樣品,細(xì)胞數(shù)量≥107個(gè);
③ 如果是體液樣品,血清≥200ml,腦脊液≥200ml,尿液≥1ml,淚液≥1ml。
2.樣品采集過(guò)程中使用到塑料制品時(shí),盡量使用無(wú)色進(jìn)口產(chǎn)品,以減少塑料制品中雜質(zhì)對(duì)質(zhì)譜檢測(cè)的影響。